8月17日下午，他在白宫地图室就与莱温斯基的关系向大陪审团作证时，刚坐下来就有一名穿军装的助手进来要他出去接一个紧急电话。在5个小时的作证过程中，他还多次被人请去商讨紧急公务，这使在场的检察官颇为恼火。
19日，克林顿在度假地简单地召开了一个小型庆祝会，度过了他52岁的生日。当天夜里，他开始不停地打电话给副总统戈尔。国务卿奥尔布赖特和国家安全事务助理怕杰等人，商议军事行动的最后决策。
1998年8月20日克林顿总统发布战书：
“今天，我命令我们的军队对设在阿富汗和苏丹的有关恐怖主义的设施进行了打击，以遏制他们给我们国家安全日益迫切的威协，我们的目标是恐怖者，我们的任务是明确的——打击本·拉登资助的恐怖主义网络，此人也许是当今世界上国际恐怖主义杰出的组织者和金融家。
“对民主制度的仇恨，对暴力的狂热称颂，并严重歪曲他们的宗教以为他们杀害无辜者辩护，他们把美国作为他们的敌手正是因为我们支持的就是他们反对的。
“本·拉登在几个月前，并在本周再一次公然发誓要发起一场针对美国人的恐怖战争，他说：‘我们不区分穿着军装的人和平民，他们都是目标，他们的任务是谋杀，他们的历史是血腥的。’
“近些年，他们杀害在索马里的维和人员，包括美国人、比利时人和巴基斯坦人，他们阴谋刺杀埃及总统和教皇。恐怖分子们已计划在太平洋上空炸毁6架美国747飞机。他们炸毁埃及设在巴基斯坦的大使馆，并且枪击到埃及旅游的德国人。
“最近的恐怖主义事件我们记忆犹新，两周前，当我们在内罗毕和达累斯萨拉姆的大使馆被炸时，12名美国人，近300名肯尼亚人和坦桑尼亚人失去了他们的生命，另有5000多人受伤，根据我们智囊团的可信消息，本·拉登的恐怖网对此负有责任。
“美国已与恐怖主义斗争多年，只要可能，我们就用法律力量和外交手段发起打击。美国法律的巨手已伸向世界各地，并把在纽约和弗吉尼亚以及太平洋进行袭击的罪犯带上了审判台。我们静静地瓦解恐怖主义团体，并挫败他们的阴谋，我们不是孤立进行恐怖活动的国家，我们在努力建立国际反恐怖主义同盟。
“但是，当仅用法律和外交手段不够时；当我们国家的安全受到挑战时；过去是，而且将来也是我们使用特别措施去保护我们的人马的时候。有显著的证据表明，拉登的恐怖主义网络正在计划增加对美国人和其它自由生活的人们的袭击，我决定，美国必须行动。
“因此，今天早晨，基于我的国家安全顾问的一致建议，我下令军队采取行动以对抗本·拉登网络的直接威胁。今天早些时候，美国对在阿富汗恐怖主义者的设备和基础设施同时实施了打击，我们所对准的是世界上最顽强的恐怖主义者的基地，它包括拉登网络基础结构的关键要素，并且充当了全球数千名恐怖主义者的训练基地。
“我们的军队还攻击了设在苏丹的与拉登网络有关的工厂，这家工厂涉嫌制造化学武器原料，这个网络并非由任何国家支持，但是可与我们面临的任何危险匹敌。
“我亲爱的美国同胞，我们反恐怖主义的战斗并非始于非洲大使馆爆炸案，也不会在今天的打击后停止，我们决不屈服于此类威胁，我们直面它，无论花多长时间，自由主义和盲从主义，法规和恐怖主义之间的斗争是一场长期持续的斗争。只要必须，我们就准备尽我们所能。
“我曾多次说，恐怖主义是我们这个新世界里面临的最大威胁。今天，我们已经反击。”打击恐怖
20日清晨6时，正在马萨诸塞州马撒葡萄园岛上休假的美国总统克林顿下达攻击令，游弋在阿拉伯海和红海的十几艘美国海军水面舰只和潜艇，同时向阿富汗首都喀布尔南部和苏丹首都喀土穆发射了75至100枚战斧式巡航导弹！
当地时间8月20日晚10时左右，阿富汗东南省分帕克蒂亚的霍斯特地区已笼罩在一片夜幕之中。忽然，几团带着“隆隆”轰鸣的光亮，划破了宁静的夜空，飞冲而来，一阵阵巨响震得地动山摇，霎时间，烈焰滚滚，火光冲天，美国对阿富汗的空袭开始了。
美军从其游弋在波斯湾上的军舰上发射巡航导弹，空袭了分布在阿富汗东南部属于塔利班控制区的本。拉登的6处营地。据称，位于帕克蒂亚省霍斯特地区的两处营地被导弹击中。空袭持续了1个小时，至少造成15人丧生，30～50人受伤。
在苏丹，20日晚当地时间7时30分，两架美国远程轰炸机飞临喀土穆，其中一架先投放了照明弹，随后两架飞机向苏丹的一家私营的“康复制药厂”发射了5枚导弹，并摧毁了这家制药厂。至少造成5人死亡。
美国在对阿富汗和苏丹的袭击中充分利用了它的技术优势，美国在波斯湾一直驻有大量海军部队。最近由于美国与伊拉克因武器核查问题关系紧张，导致这个地区武器密集，这个地区的军舰中包括配备导弹的uss林肯战斗队。另外，uss水陆特备队也驻扎在波斯湾离阿富汗袭击目标约700英里处。
尽管五角大楼对美国发动袭击一事保持沉默，但有消息透露，袭击是由美国驻波斯湾的海军舰艇发动的。驻扎在红海的两艘军舰和在阿拉伯海的5艘军舰，包括一艘潜水艇，参加了袭击行动。而且，美国显然动用了大量巡航导弹。苏丹有目击者说看到5枚巡航导弹袭击了“希法”制药厂。
据报道，美国同时向阿富汗和苏丹的一家化学武器工厂发射托马哈克巡航导弹。袭击目标在美国间谍卫星的监视之下，可以精确地定位目标。托马哈克巡航导弹最适用于目前的情况，因为它射程极远，精密度极高，它的射程超过1500公里，它的另一个好处是不易被发现。
这次袭击受损情况的估计信息逐渐从阿富汗透露出来。塔利班官方电台报道说，有21人死亡，30人受伤。而驻阿富汗的巴基斯坦记者报道，据目击者说至少有11人死亡，53人受伤。
在美国部长联席会议上，副国务卿托马斯承认袭击可能会遭致报复。他指出袭击的目的是打击恐怖力量，他说：“生活中本来就不存在完全的安全，这样的袭击还会发生。为了保护我们的人民，我们必须单方面行动，但我们也欢迎其他国家与我们并肩作战。”
美国发动空袭的当天下午，正在美国马萨诸塞州的马撒葡萄园岛上休假的克林顿总统，在休假地的一所小学里发表简短声明。随后他又飞回华盛顿，在白宫椭圆形办公室向全国发表电视讲话，称这次空袭是对恐怖分子的反击，是对内罗毕和达累斯萨拉姆两起爆炸案制造者的报复，并表示美国今后还将采取类似行动。
克林顿说，美国之所以采取这个行动是因为有证据表明，本·拉登手下的恐怖小组与本月7日的那两次爆炸案有关，并准备进行针对美国新的袭击，还想要获得化学武器等。
据美国情报部门称，阿富汗霍斯特地区的6处恐怖分子训练基地是由与拉登有关系的网络成员使用的。这些基地给恐怖分子提供了避难所和房子，提供经费让他们去世界各地，同时也提供军事训练以及武器。恐怖组织的一些人曾在这里住过，有些还是世界著名恐怖组织的成员，他们已经在世界范围内发动了一系列恐怖活动，这些恐怖组织从本·拉登的网络基地获取精神支柱、军事训练和世界范围内的恐怖活动经费。
克林顿在公开发言中说道：“我们有确凿的证据证明这些团体在肯尼亚和坦桑尼亚的大使馆爆炸案中起关键性作用……毫无疑问，美国面对恐怖主义分子的威胁将保卫它的人民……今天我们已经还击了。”
克林顿在匆忙举行的记者招待会上指出美国发动袭击的原因是：
“这些组织过去对美国发动恐怖袭击。”
“我们有确凿证据表明他们计划对我们的人民发动进一步的恐怖袭击。”
“他们试图取得化学武器和其他危险性武器。”
白宫发言人麦考里表示，克林顿总统回到华府的这一天，除了通过电视，清楚的向全美民众解释发动攻击的原因外，也打过电话给埃及总统穆巴拉克、英国首相布莱尔。巴基斯坦总理谢里夫以及以色列总理内塔尼亚胡。
美国舆论认为，美国空袭的目的是为了反击和报复本·拉登及其同伙。美方认定拉登与前不久发生在内罗毕和达累斯萨拉姆的两起爆炸事件有牵连，把他在阿富汗的6处营地视为恐怖分子训练基地。
有线电视新闻网引用华盛顿的一个未署名的消息来源说，大使馆爆炸案的首号嫌疑犯欧登的招供是一项重大突破。欧登的供词提供了有关拉登组织反美恐怖主义袭击的详细情况。许多国家的情报机构调查此案，“几乎可以认定拉登是幕后操纵者。”
另外，有报道说，美国情报机构有证据表明恐怖分子对美国驻也门大使馆的袭击已迫在眉睫，这很可能是影响美国发动袭击的原因之一。
美国国内舆论大多对此表示支持，但也有议员对此时发动袭击的动机提出疑问。
其时，克林顿正被国内的性丑闻案件搅得焦头烂额。8月17日，克林顿在向大陪审团作证后，在全国电视演说中承认与莱温斯基确有“不当”关系，引起全美一片哗然。